Linux на десктопе: Переустановка или обновление?

Если можно обновиться, почему бы не попытаться обновиться (предварительно сделав копию системы;)

Обновится успешно — отлично, не обновится, вот тогда можно и заново поставиться (или восстановиться из копии).

Заново надо сразу ставиться, если система не сильно-то и настроена, и новую можно быстро так же настроить.

Или, наоборот, очень уж сильно «засрана» кучей ненужного барахла.
Проще поставить вторую, новую, систему, и на неё переезжать потихоньку, соблюдая большую умеренность в настройках и установке дополнительных программ ;-)))